Denne lille smukke terne er desværre en af de få arter, som er forsvundet fra fjorden. Da bestanden var på sit højeste, var der knap 30 par.

Kolonierne har flyttet en del omkring i tidens løb. Den hyppigst benyttede lokalitet er Eskilsøs sydøsttange – Vædderholm. Der er konstateret to lokale årsager til tilbagegangen. For det første overskylning af kolonien ved blæsevejr, og for det andet nedtrampning af æg og unger af kreaturer, men den alvorligste trussel har dog været Ræve. Siden der i 1996 kom Ræve på Eskilsø, har Dværgternen ikke kunnet udnytte øen som yngleplads. Meget tyder dog på, at de væsentligste årsager til tilbage-gangen skal findes uden for yngleområdet, idet tilbagegangen er sket i det meste af Europa.



De eneste to ringmærkede Dværgterner fra fjorden, som er blevet tilbagemeldt, var begge skudt i Nordfrankrig. Selv om der er tale om en art, som ofte flytter mellem forskellige ynglepladser, er der næppe stor sandsynlighed for, at den vender tilbage til fjorden som ynglefugl.