Klyden er den eneste af vadefuglene, som ruger i kolonier, og den foretrækker strandenge som ynglested. Deres vigtigste yngleøer er derfor Eskilsø, Øksneholm og Lilleø, men hvis der ikke er fred her, kan de også vælge mindre holme som Elleore og Svaleøen. Da ungerne imidlertid kræver rigtige strandenge til deres opvækst, svømmer Klyderne med deres kuld til de nærmeste strandenge få dage efter at ungerne er kommet ud af æggene. For eksempel benytter Klyderne på Elleore og Svaleøen strandengene omkring Bløden ved Risø som opvækstområde for deres unger.

Rævene på Eskilsø har betydet en væsentlig tilbagegang for fjordens Klyder, men da området nord for Selsø blev inddraget i reservatet og sat under vand, flyttede et stort antal Klyder fra fjorden herop.