Med sine 140 hektarer er Eskilsø fjordens største ø. Ved færgelejet ud for Østskoven findes en gård, som nu delvis er nedrevet og et foder-mesterhus.



Litorinaskrænten adskiller øens høje morænelandskab fra de flade strandenge. Strandengene på øens sydkyst gennemskæres af losystemer, som ved lavvande danner vadeflader med rige fourageringsmuligheder for vadefugle m.fl.



Inde på øen findes to søer –
Store og Lille Rørsø – samt et par vandhuller og nogle tørre mergel-grave. Øens høje del benyttes til kornavl, mens strandengene af-græsses af kreaturer. På litorina-skrænten findes en smuk
vegetation af Hvidtjørn og Roser. Her og i hegnene findes også
store Elmetræer, som efter elme-
sygen står tilbage som træruiner.

På øens top findes ruinen af en kirke, som har hørt til det augustiner-kloster, som fandtes på øen i en kort periode i første halvdel af 1100-tallet. Fra dette stammer antagelig en række planter, som blev indført af klosterets kannikker.



På strandengene yngler et stort antal fugle. Næsten samtlige fjordens arter er fundet ynglende her. Specielt vadefuglene er karakteristiske for Eskilsø, men også måger og terner er rigt repræsenteret. Øen er stor nok til at være beboet af Ræve, men i de år, hvor de er der, forsvinder ynglefuglene. Fra 1996 til 2001 var der således konstant Ræve på Eskilsø, hvilket bevirkede, at ynglefuglebestanden faldt fra omkring 1000 til nogle få par.

Om efteråret og i milde vintre er Eskilsø rasteplads for et stort antal ænder, gæs og vadefugle. Også rovfugle ses ofte i efterårs- og vintermånederne. I vintertiden ses således jævnligt Havørn på øen.

Der er etableret trampestier, så man kan færdes på visse dele af øen, blandt andet kan man komme op til klosterkirken. I yngletiden (1. april til 15. juli) er færdsel på strandengene forbudt. Eskilsø ejes af Struckmannfonden, som er en naturbevarende fond, oprettet for arven efter kunstmaleren Eric Struckmann og hans hustru Ingrid Struckmann. Eric Struckmann var den første formand for Danmarks Naturfredningsforening..