Den Store Skallesluger har tidligere haft en lille ynglebestand på Bognæs, hvor den ynglede i hule træer, men siden 1975 foreligger der ingen ynglefund. Selv om der har været opsat redekasser er den ikke vendt tilbage som ynglefugl.

Om vinteren kommer en del fugle fra de skandinaviske ynglelokaliteter til fjorden, hvor de primært holder til i den nordlige del.